O Instituto de Pesquisa Pelé Pequeno Príncipe nasceu em 2006, com a sede localizada na Avenida Silva Jardim, n.º 1.632, em Curitiba, em frente ao Hospital Pequeno Príncipe. Com o passar dos anos, o espaço foi ampliado, aumentando os laboratórios e possibilitando que mais pesquisas fossem realizadas para melhorar a vida de crianças e adolescentes de todo o Brasil.

Inaugurado oficialmente em 2017, o Biobanco integra a Unidade de Diagnóstico Avançado e Pesquisa em Saúde do Complexo Pequeno Príncipe, que inclui ainda o Laboratório Genômico. Foi o primeiro do Paraná e é responsável pela coleta, armazenamento e gerenciamento de amostras de diversos materiais biológicos humanos, como tecidos, sangue, RNA e DNA. Tem capacidade para até 230 mil amostras.

Em 2023, o IPP ganhou a terceira unidade, no bairro Cabral, também na capital paranaense. O espaço conta com uma área de 450 metros quadrados, que abriga mais sete laboratórios e equipamentos de grande porte. A estrutura trouxe um ganho de qualidade aos estudos em desenvolvimento.